Η κρυστάλλωση ή αλλιώς ζαχάρωμα του μελιού όπως λανθασμένα αναφέρεται, είναι ένα φυσικό φαινόμενο και δεν υποδηλώνει νοθεία με ζάχαρη η άλλη γλυκαντική ουσία. Η κρυστάλλωση του μελιού δεν είναι αλλοίωση, αλλά φυσιολογική εξέλιξη για πολλές ποικιλίες μελιού. Η κρυστάλλωση αφορά ,εν μέρει την σύσταση των φυσικών σακχάρων στο μέλι και δεν έχει καμιά σχέση με την ποιότητα, την αγνότητα ή την γνησιότητα της κάθε ποικιλίας.

Η ταχύτητα με την οποία εμφανίζεται το φαινόμενο της κρυστάλλωσης, εξαρτάται από τη φυτική προέλευση του μελιού. Τα μέλια από άνθη, ανάλογα τα άνθη από τα οποία προέρχονται, κρυσταλλώνουν ιδιαίτερα γρήγορα (κάποιες ποικιλίες μέσα σε δέκα ημέρες). Τα ανθόμελα όπως το μέλι από ρείκι, βαμβάκι, πορτοκαλιά, κουμαριά, κισσό, καστανιά, κλπ. κρυσταλλώνουν μέσα σε λίγους μήνες απ' την παραγωγή τους. Το μέλι από θυμάρι κρυσταλλώνει, το νωρίτερο, μετά από ένα χρόνο. Το μελι από πεύκο, βελανιδιά αλλά και φυσικά μίγματα ανθόμελων και μελιτωμάτων δασικών δέντρων κρυσταλλώνουν πολύ αργά, μετά από 1-2 χρόνια, νωρίτερα η' αργότερα εξαρτόμενο από πολλούς διαφορετικούς παράγοντες. Τα μέλια από τα κωνοφόρα δένδρα κρυσταλλώνουν σπάνια, με κάποιες ποικιλίες να μην κρυσταλλώνουν καθόλου (όπως το έλατο). 

Η θερμοκρασία περιβάλλοντος, η περιεχόμενη γύρη και το κερί, η αναλογία των φυσικών σακχάρων του μελιού, η υγρασία κλπ. είναι μερικοί απ' τους παράγοντες που καθορίζουν την κρυστάλλωση. Το μέλι που κρυσταλλώνει στο βάζο μπορεί να επανέλθει στην πρότερη ρευστή του κατάσταση με τη χρήση ζεστού υδατόλουτρου σε μπεν μαρί, η σε θερμοθάλαμο με θερμοκρασία μικρότερη των 45οC. η ακόμα και στο φούρνο μικροκυμάτων για 1 - 1,5 λεπτό ανάλογα την ποσότητα (προσοχή στην άνοδο της θερμοκρασίας) χωρίς να χάσει τις πολύ σημαντικές θρεπτικές του ουσίες, τα πολυτιμα ένζυμα, τα ιχνοστοιχεία, τις βιταμίνες του.

Στην επιφάνεια του στο πάνω μέρος του βαζου μπορεί να δημιουργηθεί ένα λεπτό στρώμα αφρού το οποίο αποτελείται από γύρη, κερί, πρόπολη και άλλες χρήσιμες ουσίες οι οποίες διέφυγαν μέσω της σίτας κατά την φιλτρανση και εμπεριέχονται στο μέλι, αλλά λόγω της θέρμανσης και του μικρότερου ειδικού βάρους απ το μέλι ανέβηκαν προς τα πάνω. Η διαδικασία αυτή λέγεται διαύγαση του μελιού, λαμβάνει μερικώς χώρα στη δεξαμενή αποθήκευσης πριν τη συσκευασία, αλλά μπορεί να ξανασυμβεί όσες φορές θερμαίνεται το μέλι προκειμένου να ρευστοποιηθεί.